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“암 조직 자란 모양만 봐도 AI가 예후 예측”... 암 성장 환경 모사 기술 개발

UNIST·서울아산병원, 고경도·저산소 환경 모사한 3D 프린팅 인공 암 조직 개발
AI로 조직 모양 분석해 특정 유전자 발현 여부 99% 정확도로 판별 ... Adv. Sci. 게재

실제 암 환자 유래 암세포를 체내 조건을 그대로 모사한 환경에서 키울 수 있는 3D 프린팅 인공 종양 조직이 개발됐다. 이 인공 종양 조직의 성장 사진만 보고도 예후를 예측하는 인공지능(AI) 기술까지 함께 나왔다.

UNIST 바이오메디컬공학과 박태은·강현욱 교수팀과 서울아산병원 명승재 교수팀은 실제 암 조직의 고경도·저산소 환경을 재현하는 인공 암 조직 ‘Eba-PDO’를 개발했다. 이 인공 암 조직의 모양을 AI로 분석하면 대장암 예후 예측의 주요 표지 유전자의 발현 여부를 99%의 정확도로 맞춰낼 수 있다.

암세포는 빠르게 증식하기 때문에 밀도가 높아져 정상조직보다 딱딱하고, 산소도 부족한 환경에서 자란다. 기존 인공 암 조직은 비록 실제 환자에게서 떼어 낸 세포로 만들어져도 이러한 환경을 그대로 재현하지 못해, 암세포의 성장 양상이나 약물 반응이 왜곡되는 문제가 있었다.

연구팀은 암 환자에게서 떼어낸 암세포를 3차원으로 배양해 만든 암 오가노이드를 바이오잉크와 섞어, 구슬 형태로 정렬해 프린팅하는 방식으로 새로운 인공 암 조직을 개발했다. 바이오잉크는 젤라틴과 세포외기질 성분을 섞어 암이 자라는 딱딱하고 산소가 부족한 환경을 그대로 재현할 수 있도록 설계됐다.

이 방식으로 자란 인공 암 조직은 동일 환자는 일정한 형태를 유지했지만, 환자마다 크기와 모양이 달랐다.

연구팀은 이러한 특성에 착안해 현미경 사진만으로도 CEACAM5 유전자 발현 여부를 예측할 수 있는 AI를 개발했다. CEACAM5는 대장암을 비롯한 고형암에서 많이 발견되는 단백질로, 전이 가능성과 항암제 내성을 높이는 것으로 알려져 있다.

인공 암 조직에서 이 단백질이 과발현되면 세포 간 결합이 약해져 암 조직이 덜 조밀하고 균형이 무너진 형태를 띠는데, AI는 이러한 모양의 변화를 학습해 유전자 발현량을 예측할 수 있도록 훈련됐다.

또 이 인공 암 조직은 실제 암 환자 조직에서 떼어낸 암 조직과의 유전자 발현 유사도도 기존 70% 수준보다 29% 향상된 90%를 기록했으며, 환자 간 5-플루오로우라실(5-FU) 항암제 반응성의 차이도 정확하게 재현했다.

이번 연구는 UNIST 정혜진, 한종혁 연구원이 제1저자로 참여했다.

연구팀은 “실제 암세포의 성장을 체외에서 재현해 분석하는 이 방식을 통해 보다 정밀한 환자 맞춤형 치료가 이뤄질 수 있을 것으로 기대된다”라며 “향후 면역세포나 혈관 구조까지 통합하면 더욱 정교한 인공 암 모델로 확장할 예정”이라고 설명했다.

연구는 보건복지부의 한국형 ARPA-H 프로젝트, 산업통상자원부의 산업기술 알키미스트 프로젝트, 바이오·의료기술개발사업 첨단바이오 기술·인력 교류 지원사업 및 교육부 글로컬대학사업(울산대학교) COMPaaS 공동연구의 지원을 받아 수행되었으며, 연구 결과는 국제학술지인 어드밴스드 사이언스(Advanced Science)에 3월 28일자로 온라인공개됐다.

(논문명: Bioprinted Patient-Derived Organoid Arrays Capture Intrinsic and Extrinsic Tumor Features for Advanced Personalized Medicine)

자료문의

대외협력팀: 서진혁 팀장, 양윤정 담당 (052)217-1227

바이오메디컬공학과: 박태은 교수 (052) 217-2614

  • [연구그림] 기존 암 오가노이드와 구슬 형태로 3D 바이오프린팅된 암 오가노이드 모델의 차이
  • [연구그림] 환자 맞춤형 인공 암 조직 바이오프린팅과 이를 기반으로 하는 환자 예후 예측 AI
 

[붙임] 연구결과 개요

 

1.연구배경

기존의 환자유래 장기오가노이드는 생체 조직과 유사한 형태는 갖추었지만, 종양 미세환경(TME: Tumor Microenvironment) 재현이 어렵고, 오가노이드 간 구조적·기능적 불균일성 문제로 임상 예측력에 한계가 있었다.

특히, 고형암의 경우 ECM(세포외기질)의 경도, 저산소 환경, 기계적 압박 등 다양한 외부자극이 암 세포의 행동을 결정짓는데, 기존 모델은 이를 충분히 반영하지 못했다.

2.연구내용

연구팀은 Geltrex와 히알루론산(HA)을 기반으로 한 바이오잉크를 개발해, 세포가 자가 조립하며 조직 구조를 형성하도록 유도했다. 동시에 알지네이트로 구성된 지지체를 활용해 대장암 조직과 유사한 경도(약 7.5kPa)를 구현함으로써, 생체환경을 모사하는 '임베디드 바이오프린팅' 기술을 완성했다. 이 방식으로 제작된 환자유래 오가노이드(Eba-PDOs)는 기존 모델에 비해 형태학적 균일성이 뛰어나고, 오가노이드 간 크기와 형태의 변동성이 현저히 낮았다.

또한, 대장암의 대표적인 바이오마커인 CEACAM5의 발현 수준과 위치(기저면 포함)가 실제 환자 조직과 일치했으며, RNA 시퀀싱 분석 결과에서도 Eba-PDOs는 기존 표준 모델보다 실제 조직과 전사체 유사성이 훨씬 높게 나타났다. 5-플루오로우라실(5-FU)에 대한 반응성 역시 환자 혈중 CEACAM5 수치와 밀접한 연관을 보이며 예측 가능성을 입증했으며, 형광 염색 등을 하지 않은 무표지(bright-field) 이미지만을 활용한 AI 분류 모델에서도 최대 99%의 정확도를 달성했다.

3.기대효과

이번 연구는 단순한 세포 배양을 넘어, 암 조직의 물리적·생리학적 특성을 정밀하게 재현한 인공 암 조직 모델을 제시함으로써, 정밀의료 기반 환자 맞춤형 치료 전략 개발에 새로운 가능성을 제시했다. 향후 췌장암, 간암 등 다양한 고형암 모델로의 확장이 가능하며, 면역세포(PBMC)나 혈관 구조를 포함한 통합 장기 플랫폼 개발도 기대된다. 특히 이미지 기반 예측 모델은 조직을 손상시키지 않고도 진단과 치료 반응 예측이 가능한 비파괴적 스크리닝 도구로 활용될 수 있어, 실제 임상에서의 적용성과 편의성도 크게 향상될 것으로 보인다.

 

[붙임]  용어설명

 

1.Eba-PDOs (Embedded Bioprinting-enabled Arrayed Patient-Derived Organoids)
바이오프린팅 기술로 균일하게 배열된 환자유래 인공 암 조직 모델로, 실제 암 미세환경을 정밀하게 모사함.

2.CEACAM5 (CEA)
대장암 등 고형암에서 과발현되는 대표적 종양 표지자로, 예후 예측과 약물 반응성 판단에 활용됨.

3.암 미세환경 (Tumor Microenvironment)
암세포 주변의 면역세포, 혈관, 세포외기질, 저산소 환경 등 종양 성장과 전이에 영향을 미치는 복합 생체 환경.

4.RNA-seq (RNA sequencing)
세포 내 전체 RNA 발현을 분석해 유전자 발현 양상을 비교하는 기술로, 조직 간 유사성 분석 등에 활용됨.

5.무표지 예측 모델
형광이나 항체 등의 표지 없이, 밝기 영상만으로 인공지능이 조직 특성을 예측·분류하는 모델.

 

[붙임] 그림설명

그림1. 환자 맞춤형 인공 암 조직 바이오프린팅과 이를 기반으로 하는 환자 예후 예측 AI

그림2. 기존 암 오가노이드와 구슬 형태로 3D 바이오프린팅된 암 오가노이드 모델의 차이