[박종화의 게놈이야기(49)] 개인유전체 분석 과정

2024.04.22

미국의 표준게놈 서열에 한국인(SJK)을 비교 해본 결과 표준게놈 대비 99.90%에 부합됐다. 서양인 표준게놈과 비교 분석 시, 정확성을 높이기 위해 36 또는 75bp 염기 길이의 서열 조각이 이미 알려진 표준게놈의 영역에 정렬을 할 때 36개 또는 75개 염기 중...

[박종화의 게놈이야기(48)] 한국인 게놈 논문 내용

2024.04.09

김성진 박사의 한국인 게놈 프로젝트에서 해독한 DNA 조각 수는 무려 17억5,000만개였다. 총 합산된 DNA 길이로는 821억 염기(base pair)에 해당된다. 이 양은 한 개인 유전체 총량의 29배에 해당하며, 현재 널리 쓰이는 컴퓨터 하드디스크에 저장된 형태...

[박종화의 게놈이야기(47)] 게놈에 대한 몇 가지 개념 이야기

2024.04.02

# 선도게놈해독과 재해독 (Resequencing) 차이 한 생물의 전장(full length) 게놈을 해독(sequencing)하는 것은 대체로 두 가지로 나눈다. 하나는 선도 해독 혹은 신생 해독 (de novo sequencing)이다. 생어해독기를 사용하며, 게...

[박종화의 게놈이야기(46)] 한국인 게놈 분석의 의미

2024.03.26

두개의 한국인 게놈이 2009년 5월과 7월에 발표 된 것은 2008년 11월 중국의 BGI사가 논문을 발표한지 6개월만의 일이었다. 2010년 10월에 발표된 일본인 게놈보다는 1년 5개월이 앞선 것이다. 게놈 해독에 경쟁이 붙다보니 계속 첫 번째니 두 번째니 하는...

[박종화의 게놈이야기(45)] 두 번째 한국인 게놈 ‘AK1’ 논문 발표

2024.03.19

2009년 5월 최초의 한국인 게놈 논문이 게재되고, 전세계적으로 그 소식이 전해졌다. 나는 그 소식을 조지 처치에게도 알렸는데, 조지 처치는 이메일 답장을 보내왔다. 조지는 이메일에서, 게놈 해독에 경쟁이 있었는지 몰랐으며, 축하한다고 말을 했다. 그러면서 자기는 2...

[박종화의 게놈이야기(44)] 최초 한국인 게놈 분석 논문 작성과 표준게놈

2024.02.14

단백질 상호작용 관련 논문 초안에 대한 네이처지의 리뷰는 주관적인 리뷰였고, 과학적으로도 중요하지만, 인기가 있을 것은 아니다라는 것이다. 그 리뷰는 나중에 틀린 것으로 판명 났다. 그 뒤로 수많은 단백질 상호작용 관련 중요한 논문이 쏟아져 나왔기 때문이다. 그리고 개...

[박종화의 게놈이야기(43)] 지속적 게놈 데이터 공개

2024.01.30

2008년 12월 4일 최초 한국인 게놈 해독 발표의 가장 중요한 점은, 게놈 데이터를 가지고 정보분석을 해 그 분석 결과와 기본 데이터를 모두 공개했다는 것이다. 그때 서울대는 그만큼 서열 해독이 되지 않았고, 분석도 지연되는 상황이었다. 서 박사와 나는 오랫동안 게...

[박종화의 게놈이야기(42)] 인종별 게놈 해독은 필요하다

2024.01.16

분석의 핵심은 김성진 박사의 게놈 정보 전체를 비교했을 때, 기존에 발표된 다른 4개의 인간 게놈과 어떻게 다른가였다. 김성진 박사 게놈의 해독량은 약 7.8 배수의 깊이로 크레이그 벤터와 제임스 왓슨 게놈과 같은 수준이었다. 그러나 정확도에 있어서는 제임스 왓슨의 게...

[박종화의 게놈이야기(41)] 개인 게놈 정보의 완전 공개

2024.01.09

왓슨은 자신의 게놈을 완전히 공개하기로 했는데 단 하나, 예외가 있었다. 그것은 아포지질단백(Apolipoprotein) E (ApoE) 유전자 정보이다. 이것은 알츠하이머에 관계된 유전자로 왓슨의 친척 중에 한 사람이 그것으로 죽은 것으로 알려졌다. 아마 자신도 그것...

[박종화의 게놈이야기(40)] 인간은 게놈적으로 서로 많이 다르다

2024.01.02

벤터 박사팀은 자신들의 해독결과를 보면, 개개인의 유전적 차이가 생각보다 크다는 것을 주장한다. 이것은 기존의 인간 게놈을 이해하는 것과 상반되는 것이다. 이것은 중요한 포인트로, 2001년 첫 번째 게놈이 완성되었을 때, 사람들은 인간은 서로 너무나 닮아 있어, 하나...