[박종화의 게놈이야기(20)] 바이오펄과 각종 바이오 도메인들

2023.08.08

뛰어난 케임브리지의 연구환경과 시설 덕에, 나는 효율적으로 연구를 할 수 있었다. 케임브리지는 과학자의 천국이다. 하버드, 미국서부, 독일, 유럽보다도 더 뛰어난 과학 문화와 학풍을 가지고 있다. 그래서, 케임브리지에선 시대를 바꾸는, 혁명을 일으키는 학문발전이 있어왔...

[박종화의 게놈이야기 19] 캘리포니아 아실로마

2023.08.01

몇 달 뒤에 대회의 결과를 발표하는 학회가 캘리포니아의 서부 몬터레이 근처 아실로마에서 있었다. 그런데, 가보니, 팀 허버드와 내가 가장 많이, 가장 정확하게 3차원 구조 인식 예측을 했다. 그래서 1차 CASP대회에서 3가지 세부 분야 중 한군데에서 MRC 센터 팀이...

[박종화의 게놈이야기-18] 팰린드롬과 프랙탈

2023.07.18

나는 팰린드롬(Palindrome)도 연구를 했었는데, 그것은 RNA나 DNA 바이러스의 게놈은 대칭적인 3차원 구조를 가지고 있을 거라는 추측에 의해서였다. 게놈도 하나의 거대한 분자로, 평형을 이뤄져야 하기 때문에, 3차원구조도 대칭적일 것이라고 추측했다. 이것을...

[박종화의 게놈이야기(17)] 3차원 단백질 접힘 문제

2023.07.11

1994년 8월23 일 쯤에 케임브리지로 옮겼다. MRC 센터의 단백질 공학 센터장이었던 알란 퍼쉬트(Alan Fersht) 라는 화학자 겸 생물학자가 나의 공식 지도교수였다. 팀 허버드는 그때, 연구교수라서, 공식적으로 학생을 못 받았기 때문이었다. 알란의 케임브리지...

[박종화의 게놈이야기 16] 크릭과 왓슨과 DNA모델

2023.07.04

생명의 역사를 쓸 때, DNA문자를 쓴다. 1953년 케임브리지의 크릭과 왓슨이 로잘린 프랭클린과 모리스 윌킨스의 엑스레이 결과를 도용해 이미 알려져 있던 2중 나선 식의 DNA모델을 제시한다. 크릭은 2중 나선 구조에서 가장 중요하게 생각한 것이, DNA의 정보가 서...

[박종화의 게놈이야기(15)] 최초의 단백질 조상

2023.06.27

인간의 족보를 완벽하게 구성하면, 수백, 수천만년 전의 한 종류의 조상으로 수렴된다. 단백질도 마찬가지이다. 수십억년 전에 우리가 아는 모든 단백질들은 하나의 조상에서 나왔다. 최초의 단백질은 어떤 서열인지 알 수가 없지만, RNA 서열에서 어떤 과정을 거쳐서 단백질로...

[박종화의 게놈 이야기 (14)] 서열이란 무엇인가?

2023.05.30

서열의 일반적 정의는 ‘순서’를 가진 문자의 나열이다. 서열 (sequence)은 생명현상에서 가장 중요하다. 순서가 없으면 서열이 아니고, 서열이 없으면 우리가 아는 지구상의 생명체의 정보처리는 불가능하다. 막스 퍼룻쯔 박사는 단백질의 서열과 구조를 연구하면서 단백질...

[박종화의 게놈 이야기 (13)] 게놈과 언어

2023.05.23

게놈은 물리적인 우주, 지구, 세포, 생물, 생태계를 수학적으로 반영한 일종의 암호이고, 언어이다. 이 언어는 3차원 구조의 완벽한 에너지 평형을 이루는 동시에 정보를 저장하고 있다. 그래서 게놈의 구조는 레고 같은 단순한 블럭이 모여서 이어진 것이 아니라, 3차원,...

[박종화의 게놈이야기 (12)]슬픈 학부 졸업

2023.05.01

학과장인 이언 부스 교수가 무슨 꿍꿍이인지 자기도 내게 질문을 하나 했다. 대답을 잘해서인지 아니면 자기 생각에 자기 학과 학생이 답을 제대로 못한다고 생각했는지는 모르겠다. 자신의 수업시간에 가르쳤던 생화학 문제였다. 단백질이 하나의 조그만 분자 스위치 역할을 하는데...

[박종화의 게놈이야기 (11)] 과학 열정과 등급 결정 면접시험

2023.04.25

나중에 알게 됐다. 그 당시 MRC에는 박사학위 수준에서 아시아인(외국인)에게 주는 장학금이 없었다. 2000년대에 들어서 Cambridge의 MRC 센터는 외국인 학생 장학금을 만든 것으로 안다. 내가 MRC에 지원 할 당시 “나는 과학에 열정을 가지고 있...