[박종화의 게놈이야기(25)] 게놈은 생명현상 본질을 보여주는 아름다운 창문

2023.09.13

박사 3년을 마치는 동안에도 생정보학 (Bioinformatics)이라는 말을 쓰는 사람이 별로 없었다. 그래서 생정보학을 한다고 하면 같은 연구소사람 또는 케임브리지대 친구들을 비롯해 내가 아는 대부분의 사람들이 그것이 무엇이냐고 되물었다. 나는 설명을 해주면서 종종...

[박종화의 게놈이야기(24)] 게놈 박사 졸업논문

2023.09.05

팀은 내가 존경하는 훌륭한 과학자이고, 지도교수였다. 그러나 과학자체에 대한 철학은 깊진 않았다. 나의 공동지도 교수인 싸이러스는 팀보다 나이도 더 많고 좀 더 생각이 많은 편이었다. 나의 학위 말년에는 싸이러스와 일을 더 많이 했다. 나의 논문은 5월초에 끝이 났고,...

[박종화의 게놈이야기(23)] 기름기가 더 많은 고세균 단백질

2023.08.29

1995년부터 박테리아(세균) 게놈이 완전 해독돼 나오기 시작했다. 그리고 세균이 아닌 고세균의 게놈도 해독이 됐다. 이것도 역시 크레이그 벤터그룹이 한 것으로, 끓는 수준의 고온에서 사는 고세균인 메싸노코커서 자나씨아이(MJ)를 해독한 것이었다. 이 게놈도 역사상 중...

[박종화의 게놈이야기(22)] 과학자는 경쟁하지 않고도 동기부여가 돼야 한다

2023.08.23

내가 제안한 유전자의 반복에 관한 연구로 나는 논문을 쓰지 않았다. 왜냐하면, 싸이러스 초씨아의 제자로 있던 한 학생이 내 친구였었는데, 어느 날 우리 연구실에 놀러 왔고, 내가 하는 연구계획을 자세히 알려줬다. 그 뒤 3개월 동안 그가 잘 나타나지도 않아 이상했는데,...

[박종화의 게놈이야기(21)]1995년 최초 박테리아 게놈 3개 공개되다

2023.08.16

1990년대 초까지는 생정보학에서는 3차원 구조와 단백질 서열연구가 가장 주된 분야였다. 사람들은 게놈이나 DNA서열보다는 기능을 하는 단백질에 더 많은 연구를 했다. 그래야 제약회사에서 돈도 나오고, 또, 논문내기도 쉬웠다. 또 다른 것은 DNA서열 해독이 그때까지도...

[박종화의 게놈이야기(20)] 바이오펄과 각종 바이오 도메인들

2023.08.08

뛰어난 케임브리지의 연구환경과 시설 덕에, 나는 효율적으로 연구를 할 수 있었다. 케임브리지는 과학자의 천국이다. 하버드, 미국서부, 독일, 유럽보다도 더 뛰어난 과학 문화와 학풍을 가지고 있다. 그래서, 케임브리지에선 시대를 바꾸는, 혁명을 일으키는 학문발전이 있어왔...

[박종화의 게놈이야기 19] 캘리포니아 아실로마

2023.08.01

몇 달 뒤에 대회의 결과를 발표하는 학회가 캘리포니아의 서부 몬터레이 근처 아실로마에서 있었다. 그런데, 가보니, 팀 허버드와 내가 가장 많이, 가장 정확하게 3차원 구조 인식 예측을 했다. 그래서 1차 CASP대회에서 3가지 세부 분야 중 한군데에서 MRC 센터 팀이...

[박종화의 게놈이야기-18] 팰린드롬과 프랙탈

2023.07.18

나는 팰린드롬(Palindrome)도 연구를 했었는데, 그것은 RNA나 DNA 바이러스의 게놈은 대칭적인 3차원 구조를 가지고 있을 거라는 추측에 의해서였다. 게놈도 하나의 거대한 분자로, 평형을 이뤄져야 하기 때문에, 3차원구조도 대칭적일 것이라고 추측했다. 이것을...

[박종화의 게놈이야기(17)] 3차원 단백질 접힘 문제

2023.07.11

1994년 8월23 일 쯤에 케임브리지로 옮겼다. MRC 센터의 단백질 공학 센터장이었던 알란 퍼쉬트(Alan Fersht) 라는 화학자 겸 생물학자가 나의 공식 지도교수였다. 팀 허버드는 그때, 연구교수라서, 공식적으로 학생을 못 받았기 때문이었다. 알란의 케임브리지...

[박종화의 게놈이야기 16] 크릭과 왓슨과 DNA모델

2023.07.04

생명의 역사를 쓸 때, DNA문자를 쓴다. 1953년 케임브리지의 크릭과 왓슨이 로잘린 프랭클린과 모리스 윌킨스의 엑스레이 결과를 도용해 이미 알려져 있던 2중 나선 식의 DNA모델을 제시한다. 크릭은 2중 나선 구조에서 가장 중요하게 생각한 것이, DNA의 정보가 서...